物語の舞台は、天空の壁によって3つのエリアに分断された『仮面ライダービルド』の世界に、突如現れた『仮面ライダーエグゼイド』世界の敵、怪物・本源寺。この世界に来ないの？謎の敵を前に為す術もなく、ウォーラビットの前に現れたのは、半身が金属で覆われた謎の男だった。科学者を名乗る男が巨大な機械を起動させると、空には天地が逆転した別の世界が現れた。一方、『エグゼイド』の世界でも同様のことが起こった。スカイウォールのある世界は徐々にエグゼイドの世界に陥りつつあり、二つの世界が衝突するまで、まだ24時間残っている。世界滅亡へのカウントダウンが始まる…！未曾有の危機に直面した人類を救えるのは、その戦士たちだけだ。前作を超えるスケール感と、これまでにないアクションシーンが融合し、交わるはずのなかった英雄たちがついに邂逅する。謎に満ちた物語が今、解き明かされる――。